KA Baturraden Ekspres setiap harinya membawa rangkaian 2 kelas eksekutif dengan jumlah kapasitas 100 seat dan 5 kelas bisnis dengan jumlah tempat duduk sebanyak 320 seat. Adapun tarif untuk kelas bisnis dengan tarif batas bawah dimulai dari harga Rp 170.000,- dan kelas eksekutif dimulai dengan tarif batas bawah sebesar Rp 225.000,-
Untuk optimalisasi pendapatan angkutan penumpang dengan memanfaatkan idle seat pada relasi tertentu, maka diberlakukan pula tarif khusus pada KA Baturraden Ekspress yang dapat dilayani 2 jam sebelum keberangkatan baik melalui aplikasi Access by KAI dan loket stasiun diantaranya untuk perjalanan dari Purwokerto – Kroya dan arah sebaliknya maka pelanggan akan mendapatkan tarif khusus sebesar Rp 35.000,- untuk kelas eksekutif dan Rp30.000,- untuk kelas bisnis, relasi dari Purwokerto-Banjar dan arah sebaliknya pelanggan mendapatkan tarif untuk kelas eksekutif Rp 60.000,- dan kelas bisnis Rp 40.000,- sedangkan untuk relasi Kroya-Tasikmalaya dan arah sebaliknya untuk tarif khusus sebesar Rp 105.000,- kelas eksekutif dan Rp 85.000,- untuk kelas bisnis. Sementara itu untuk relasi dari Banjar-Bandung untuk kelas eksekutif sebesar Rp 115.000,- dan bisnis Rp.105.000,- sedangkan untuk relasi dari Tasikmalaya-Bandung sebesar Rp 105.000,- untuk kelas eksekutif dan Rp 95.000,- untuk kelas bisnis.