Di sisi lain, kata Gus Hilmy, masjid yang juga merupakan tempat untuk dakwah dan pergerakan umat, semestinya dibuat nyaman dan terbuka untuk semua orang. Kalau masjid itu tempat mulia, rumahnya Allah, maka tidak ada yang boleh membuat larangan. Kalau alasannya untuk keamanan atau kebersihan, harus ada pintu masuk agar pelayanan jamaah tetap bisa 24 jam, ujar pengasuh Pondok Pesantren Krapyak ini.
Evaluasi Gus Hilmy terkait pengelolaan masjid adalah tentang pengumpulan dana dari jamaah. Jutaan dana terkumpul, tetapi dalam laporannya, kerap ditemukan hanya dimanfaatkan untuk kepentingan masjid. Dana yang terkumpul itu seharusnya tidak hanya untuk maintenance masjid, penggunaannya juga bisa digunakan untuk membantu jamaah. Di antaranya seperti membantu jamaah yang terkena musibah, pemberian santunan, pemberian beasiswa, dan lain sebagainya, terangnya.