Mulai 26 September 2023, kereta api Jayabaya akan menjadi kereta api pertama yang menggunakan rangkaian kereta kelas ekonomi generasi terbaru yang merupakan hasil modifikasi dari rangkaian sebelumnya dengan pengurangan jumlah tempat duduk dari 80 tempat duduk menjadi 72 tempat duduk.
Manager Humas Daop 1 Jakarta Ixfan Hendriwintoko mengingatkan kembali bahwa hari ini Jumat, 18 Oktober 2014 tepat 10 tahun beroperasinya KA Jayabaya. Diusianya yang ke 10 tahun ini fasilitas pelayanan di atas KA Jayabaya juga telah ditingkatkan. Mulai 16 Oktober 2024 lalu, Kereta api Jayabaya resmi menggunakan kereta campuran kelas Eksekutif dan Ekonomi generasi terbaru berbahan baja nirkarat buatan PT INKA Madiun, untuk menggantikan kereta ekonomi generasi terbaru yang hasil modifikasi dari Balai Yasa Manggarai.