Pengaturan rekayasa operasi kereta api yaitu 27 KA Jarak Jauh keberangkatan dan 5 KA Jarak Jauh kedatangan Stasiun Gambir diberhentikan di Stasiun Jatinegara untuk proses naik dan atau turun penumpang, dimana dalam kondisi normal KA-KA tersebut tidak berhenti di Stasiun Jatinegara.
Adapun 27 KA keberangkatan dan 5 KA kedatangan tersebut yaitu:
Keberangkatan :
1. KA 18A Argo Semeru, berangkat Stasiun Gambir pukul 06.20 WIB;
2. KA 7048A Papandayan, berangkat Stasiun Gambir pukul 06.30 WIB;
3. KA 14 Muria, berangkat Stasiun Gambir pukul 07.00 WIB;
4. KA 2 Argo Bromo Anggrek, berangkat Stasiun Gambir pukul 08.20 WIB;
5. KA 26 Argo Cheribon, berangkat Stasiun Gambir pukul 08.30 WIB;
6. KA 68 Taksaka, berangkat Stasiun Gambir pukul 09.20 WIB;
7. KA 7028A Pangandaran, berangkat Stasiun Gambir pukul 09.30 WIB;
8. KA 62A Sembrani, berangkat Stasiun Gambir pukul 09.50 WIB;
9. KA 22A Argo Cheribon, berangkat Stasiun Gambir pukul 10.10 WIB;
10. KA 80F Manahan, berangkat Stasiun Gambir pukul 10.30 WIB;
11. KA 40A Argo Parahyangan, berangkat Stasiun Gambir pukul 14.12 WIB;
12. KA 20F Argo Merbabu, berangkat Stasiun Gambir pukul 14.20 WIB;
13. KA 58 Brawijaya, berangkat Stasiun Gambir pukul 15.40 WIB;
14. KA 60 Bima, berangkat Stasiun Gambir pukul 17.00 WIB;
15. KA 28 Argo Cheribon, berangkat Stasiun Gambir pukul 18.10 WIB;
16. KA 56 Gajayana, berangkat Stasiun Gambir pukul 18.50 WIB;
17. KA 64 Sembrani, berangkat Stasiun Gambir pukul 19.30 WIB;
18. KA 24 Argo Cheribon berangkat Stasiun Gambir pukul 19.55 WIB;
19. KA 78F Pandalungan, berangkat Stasiun Gambir pukul 20.05 WIB;
20. KA 4 Argo Bromo Anggrek, berangkat Stasiun Gambir pukul 20.30 WIB;
21. KA 8 Argo Lawu, berangkat Stasiun Gambir pukul 20.45 WIB;
22. KA 72 Purwojaya, berangkat Stasiun Gambir pukul 21.10 WIB;
23. KA 70 Taksaka, berangkat Stasiun Gambir pukul 21.40 WIB;
24. KA 7046A Argo Parahyangan Tambahan, berangkat Stasiun Gambir pukul 22.15 WIB;
25. KA 16 Argo Muria, berangkat Stasiun Gambir pukul 22.30 WIB;
26. KA 82F Manahan, berangkat Stasiun Gambir pukul 22.50 WIB; dan
27. KA 30F Argo Cheribon, berangkat Stasiun Gambir pukul 23.30 WIB.