Selain itu, ada juga KA Tambahan Malioboro Express yang sebelumnya keberangkatan awal dari Stasiun Yogyakarta-Malang menjadi relasi dari Stasiun Purwokerto-Malang PP. KA Malioboro Ekspress ini terdiri dari 3 kelas eksekutif dengan kapasitas tempat duduk sebanyak 150 TD dan 5 kelas bisnis dengan kapasitas sebanyak 320 TD.
Dengan demikian total seat KA Malioboro Ekspress Tambahan selama masa angkutan Nataru sebanyak 2.700 TD kelas eksekutif dan 5.760 TD kelas bisnis. KA Malioboro Express ini berangkat dari Stasiun Purwokerto pada pukul 07.00 WIB dan akan berhenti di Stasiun Kroya, Kebumen, Kutoarjo, Yogyakarta, Klaten, Solobalapan, Madiun, Caruban, Nganjuk, Kertosono, Kediri, Tulungagung, Blitar, Wlingi, Kepanjen, Malangkota Lama, dan tiba di Stasiun Malang pada pukul 16.14 WIB. Tarif KA Malioboro Express untuk kelas Bisnis mulai Rp 280.000,- dan untuk kelas eksekutif mulai dari Rp 350.000,-