KA Tambahan berikutnya yakni KA Malioboro Ekspres yang sebelumnya keberangkatan awal dari Stasiun Yogyakarta-Malang menjadi relasi dari Stasiun Purwokerto-Malang PP. KA Malioboro Ekspress ini terdiri dari kelas 3 kelas eksekutif dengan kapasitas tempat duduk sebanyak 150 TD dan 5 kelas bisnis dengan kapasitas sebanyak 320 TD. Dengan demikian total seat KA Malioboro Ekspress Tambahan selama masa angkutan Nataru sebanyak 2.700 TD kelas eksekutif dan 5.760 TD kelas bisnis.
Daop 5 Purwokerto menambah perjalanan KA untuk mengakomodir tingginya minat masyarakat menggunakan kereta api pada momen Nataru kali ini. Hadirnya KA tambahan ini menunjukkan kesiapan Daop 5 dalam menyediakan sarana transportasi bagi pelanggan yang ingin melakukan perjalanan di masa Nataru, serta wujud komitmen KAI untuk melayani masyarakat dengan sebaik-baiknya.