Selain itu, Filep juga menyoroti kinerja Kemendagri berkaitan dengan rencana pemekaran wilayah ini. Ia memandang Mendagri harusnya bersinergi dengan banyak pihak termasuk kepala daerah dan lembaga di daerah. Menurutnya, dalam persoalan ini Mendagri sudah tidak mampu melakukan komunikasi secara langsung dengan pemerintah provinsi dan daerah karena berbeda pandangan.
“Hari ini pemerintah pusat menciptakan satu konsep besar terkait dengan gap, pandangan dan cipta kondisi yang luar biasa antara pemerintah provinsi, kabupaten/kota dan rakyat termasuk antara pemerintah daerah dan pusat ini menunjukkan bahwa tata kelola pemerintahan yang dipegang oleh Mendagri adalah sistem yang berada di luar hakekat pemerintahan yang diharapkan, yaitu hubungan pemerintah pusat dan daerah berjalan tidak seturut dengan asas demokrasi. Tetapi dalam kenyataannya adalah lebih kepada sistem otoriter,” ujarnya.